No Ensino Secundário pretende-se consolidar as opções vocacionais, garantir uma autonomia face ao estudo, bem como auxiliar na construção de um projeto de vida sólido.
As atividades curriculares para o Ensino Secundário decorrem entre as 08h15 e as 17h15, integrando o currículo nacional e a oferta educativa dos Salesianos de Évora.
A matriz curricular do Ensino Secundário integra as componentes do currículo nacional, tal como definido pelo Ministério de Educação e Ciência. Assim, as áreas de estudo disponibilizadas são: